Prosedur ini juga dapat dilakukan untuk mengatasi kondisi lain yang melibatkan kepala pankreas, seperti kista pankreas, tumor neuroendokrin, atau tumor di daerah saluran empedu.
Dalam prosedur ini, dokter spesialis bedah akan mengangkat bagian dari pankreas, bagian pertama usus kecil (duodenum), sebagian saluran empedu, dan kantong empedu. Pada beberapa kasus, sebagian dari lambung atau tubuh pankreas juga dapat diangkat.
Dikarenakan prosedur whipple ini sangat kompleks maka diperlukan tim bedah terampil serta fasilitas medis yang memadai. Rata-rata untuk operasi ini, memerlukan waktu 6-8 jam.