Setahun berselang dari pernikahannya, Kartini dikaruniai seorang anak laki-laki bernama Soesalit Djojoadhiningrat yang lahir pada 13 September 1904.
Empat hari pasca Kartini melahirkan putra tercintanya, dia pun menghembuskan napas terakhirnya pada 17 September 1904 di usia 25 tahun. Dia dimakamkan di Desa Bulu, Kecamatan Bulu, Rembang.
Saat meninggal, Kartini menghembuskan napas terakhirnya tepat di pangkuan suami tercinta, merujuk kesaksian dari para abdi dalem yang ada pada peristiwa itu.
Menurut informasi dari berbagai sumber, Kartini meninggal dunia diduga karena preeklamsia yakni gangguan kehamilan yang ditandai oleh tekanan darah tinggi dan kandungan protein yang tinggi dalam urine.