Tanah RS Indonesia di Gaza seluas 16.261 meter persegi merupakan wakaf dari pemerintah Palestina di Gaza. MER-C mendapat surat tanah wakaf untuk RSI dari PM Palestina Ismail Haniya pada 3 Mei 2009.
Setelah data tanah lengkap dan seluruh disain RSI disetujui oleh Kemenkes Gaza, maka pada tanggal 2-3 Februari 2011 MER-C mengumumkan tender pembangunan tahap 1. Selanjutnya pada 28 April 2011, kontraktor First Company ditetapkan sebagai pemenang tender dan pembangunan RSI dimulai 14 Mei 2011.
Pembangunan RS Indonesia seluruhnya berasal dari donasi rakyat Indonesia berjumlah Rp126 miliar. Menurut laporan MER-C, tidak ada dana bantuan asing dan juga dari pemerintah Indonesia dalam proses pembangunannya.
Ide, proses desain RS yang mencakup struktur, arsitektur dan Mechanical Electrical (ME) sampai dengan tenaga insinyur dan pekerja teknis yang terlibat dalam proses pembangunan RS Indonesia di Gaza adalah putra-putra bangsa Indonesia yang berstatus sebagai relawan.