Bangunan RS Indonesia disebut sebagai bangunan terunik dan terbesar di Jalur Gaza. Bangunannya yang sebagian besar di wilayah okupansi Israel ini berbentuk segi empat.
Mantan Menteri Kesehatan Palestina di Gaza dr Bassim Naim saat itu mengatakan, rumah sakit ini cantik berbentuk segi 8, secantik hati rakyat Indonesia yang telah bersungguh-sungguh dalam membantu saudara-saudaranya di Gaza Palestina.
"Dengan segenap kesungguhan kita bersama, insya Allah akan menjadi washilah dan penyebab tercapainya pembebasan Masjidil Aqsha dan kemerdekaan Palestina," kata dr Bassim Naim.
Sementara Jamila Shanti yang saat itu menjabat Menteri Urusan Wanita Palestina di Gaza mengatakan, desain RS Indonesia sangat indah. "Rumah Sakit terindah di kota Gaza. Disainnya berkolaborasi dengan Kubah Shakra." kata Jamila, dikutip dari situs MER-C.
RSI di Gaza berkapasitas 100 tempat tidur yang terdiri atas dua lantai dan ruang bawah tanah. Bangunan rumah sakit ini memiliki 90 ruang rawat inap, 10 ruang instalasi gawat darurat, satu laboratorium, satu ruang radiologi, dan 10 ruang perawatan intensif berkapasitas 100-150 pasien.
Rumah sakit di Gaza ini dinamai RS Indonesia setidaknya karena tiga alasan, menurut Menurut MER-C, organisasi sosial kemanusiaan yang bergerak dalam bidang kegawatdaruratan medis. Pertama, karena seluruh dananya berasal dari masyarakat Indonesia. Kedua, diharapkan bisa menjadi bukti silaturahmi jangka panjang antara rakyat Indonesia dan rakyat Palestina. Ketiga, memberi pesan bahwa di tanah Palestina ada aset dan sumbangan dari rakyat Indonesia untuk rakyat Palestina.