Namun cerita berubah sejak Mahathir cekcok dengan Najib Razak. Karena tak sepaham lagi, Mahathir keluar dari UMNO lalu mendirikan partai baru, Partai Pribumi Malaysia Bersatu, pada 2016. Saat Anwar dipenjara pada 2015, Mahathir menggantikan perannya memimpin kubu oposisi Pakatan Harapan.
Pada awal 2018, Presiden PKR yang juga istri Anwar, Wan Azizah Wan Ismail, mengumumkan pencalonan Mahathir sebagai kandidat perdana menteri dari Pakatan Harapan.
Mahathir tampaknya tak lama menjabat perdana menteri. Dia akan menyerahkan jabatan itu kepada pemilik yang paling berhak, Anwar Ibrahim, setelah dibebaskan dari penjara. Namun butuh proses lama untuk bisa memulihkan status Anwar, meskipun sudah dibebaskan.
Anwar tak bisa langsung menjadi perdana menteri karena aturan di Malaysia tak membolehkannya terjun ke politik sampai lima tahun, kecuali mendapat pengampunan dari Sultan. Mahathir akan mengusahakan agar Anwar mendapat pengampunan itu.