Semasa studinya yang penuh dunia medis dan kedokteran itu tanpa pengetahuan khusus mengenai bidang politik, Yat Sen merasa terganggu dengan sistem pemerintahan China terutama gaya politik dan hukumnya yang sangat tradisional dan konservatif karena kentalnya pengaruh dinasti Qing saat itu. Terlebih, ketika melihat negara-negara lain yang sudah lebih maju teknologinya, dia merasa sistem kuno ini seakan menghambat perkembangan teknologi China. Sebagai langkah awal, ia menutup praktek medisnya di Guangzhou dan pergi ke sisi utara di tahun 1894 untuk memulai ilmu politiknya.
Awal mulanya, Yat Sen menuliskan protes dalam surat yang tertuju kepada Li Hong Zhang selaku gubernur provinsi Zhili tentang gagasan darinya mengenai potensi China agar lebih maju dan memperoleh kekuatan. Sayangnya, balasan yang ia dapatkan hanyalah dukungan sederhana yang Li balas sebagai formalitas saja. Merasa tak puas, Yat Sen pergi ke Hawaii pada 1894, dan mendirikan organisasi bernama Revive China Society atau Xing Zhong Hui yang dikabarkan menjadi kelompok revolusioner rahasia. Anggotanya tidak jauh dari penduduk asli Guangdong berbagai kalangan.
Di tengah-tengah perang China-Jepang yang berlangsung selama satu tahun dengan segala krisis dari dampak perang tersebut, Yat Sen kembali ke Hong Kong pada 1895. Ia merencanakan sebuah aksi protes dan pemberontakan di Guangzhou. Sayangnya, rencananya itu gagal, lalu ia memilih untuk mengasingkan diri selama 16 tahun di luar negeri.
London, 1896, Yat Sen ditangkap dan ditahan selama hampir 2 minggu oleh kedutaan China di London. Awalnya, kedutaan sudah memutuskan untuk mendeportasinya pulang ke China, tapi Yat Sen saat itu berhasil ‘mencuci otak’ pegawai Inggris yang dahulu merupakan mantan dekan Fakultas Kedokteran Hong Kong, tempatnya menempuh gelar dokter saat itu yang membuatnya dilepas dari kedutaan. Insiden penangkapannya memberikan dorongan kuat di karir Yat Sen.
Setelah berbulan-bulan menghabiskan waktu di London, Yat Sen memutuskan untuk menjelajah lagi ke Jepang melewati Kanada. Sesampainya dia di Jepang pada Agustus 1897, ia bertemu Miyazaki Torazo yang merupakan seorang penjelajah dan ternyata sempat mendengar mengenai insiden penangkapannya di London. Miyazaki menawarkan dirinya yang bersedia membantu Yat Sen pada agenda politiknya. Miyazaki mengenalkan Yat Sen kepada kenalannya yang memiliki pengaruh besar, di antaranya adalah Okuma Shigenobu, Soejima Taneomi, dan Inukai Tsuyoshi. Ia senang berkenalan dengan mereka.