Chun mengundurkan diri dari jabatannya di tengah gerakan protes nasional yang dipimpin mahasiswa pada 1987. Kala itu, para demonstran menuntut sistem pemilihan umum langsung untuk menentukan pemimpin Korsel.
Pada 1995, dia didakwa dengan pemberontakan, pengkhianatan, dan ditangkap setelah menolak untuk hadir di kantor kejaksaan dan melarikan diri ke kampung halamannya.
Ribuan mahasiswa Korsel diyakini telah tewas di Gwangju, menurut kesaksian para penyintas tragedi itu, mantan perwira militer, dan aparat penegak hukum Korsel.