Menurut Putin, kota itu direbut Swedia setelah puluhan tahun berfungsi sebagai pelabuhan perdagangan penting bagi Soviet. Namun setelah 1 abad berada di pangkuan Swedia, Peter I berhasil merebutnya kembali.
Setelah direbut Rusia pada 1704, kota tersebut menjadi bagian dari kekaisaran hingga 1917. Kota itu kemudian secara resmi menjadi bagian dari Estonia pada 1920 di bawah perjanjian antara Estonia dengan pemerintah Uni Soviet. Estonia kemudian menjadi bagian dari Uni Soviet pada 1940.
Sejarah masa lalu kedua negara terkadang masih memicu ketegangan. Para pejabat Estonia kerap mengatakan bahwa bergabungnya mereka ke Uni Soviet merupakan buah dari pendudukan atau keterpaksaan.
Setelah operasi militer khusus Rusia ke Ukraina, hubungan kedua negara semakin tegang. Kemlu Estonia menilai tujuan denazifikasi dan demiliterisasi yang didengungkan Rusia dalam operasi itu sangat berbahaya dan tidak bertanggung jawab. Kemlu menuduh Rusia memalsukan sejarah dan memiliki ambisi imperialisme.