AS kemudian menyusul dengan menyerang tiga fasilitas nuklir Iran pada 22 Juni. Dijuluki Operasi Midnight Hammer, serangan tersebut menargetkan fasilitas nuklir Natanz, Fordow, dan Isfahan, menggunakan bom penghancur bunker dan rudal yang ditembakkan dari pesawat pengebom dan kapal selam.
Iran membalas dengan menembakkan ratusan rudal balistik yang diarahkan ke kota-kota Israel, menewaskan puluhan orang dan menyebabkan kerusakan parah. Sebagian besar rudal berhasil dicegat.
Perang berakhir pada 24 Juni, melalui kesepakatan gencatan senjata yang ditengahi AS dan Qatar.