Di bawah pemerintahan Sultan Abdulmecid di antara tahun 1847 dan 1849, Hagia Sophia mengalami renovasi besar-besaran yang dipimpin oleh arsitek Swiss Fossati bersaudara. Pada saat ini, Hünkâr Mahfili atau kompartemen terpisah untuk kaisar yang digunakan untuk berdoa dipindahkan dan diganti dengan yang lain di dekat mihrab.
Kemudian di tahun 1935, bangunan legendaris ini dioperasikan sebagai museum oleh pemerintah nasional sebelum akhirnya difungsikan sebagai masjid di tahun 2020.