Saat nama Malley pertama kali muncul sebagai kandidat utama jabatan itu, dia menuai kritik dari sejumlah anggota parlemen Partai Republik dan kelompok pro-Israel. Mereka khawatir Malley akan bersikap lunak terhadap Iran dan keras terhadap Israel.
Itu karena Malley sempat mundur sebagai penasihat tim kampanye Obama di 2008 setelah ketahuan bertemu dengan perwakilan dari kelompok militan Palestina Hamas saat bekerja di International Crisis Group, sebelum akhirnya kembali ke pemerintahan Obama.
Saat ini, Malley menjadi orang penting dalam upaya Biden menangani Iran. Terlebih, setelah bertahun-tahun hubungan dengan negeri Persia itu terus memburuk di bawah kendali Trump, terutama sejak AS menarik diri dari kesepakatan nuklir dan menerapkan kembali sanksi ekonomi.
Malley memegang banyak posisi senior di pemerintahan Obama, juga di era mantan Presiden Bill Clinton, dengan fokus pada pembuatan kebijakan untuk Timur Tengah. Baru-baru ini, dia menjabat sebagai presiden di International Crisis Group, sebuah organisasi nirlaba yang berfokus pada konflik global.