Pemerintah Saudi berkali-kali membantah tuduhan berbagai pihak soal keterlibatan MBS. Disebutkan, pembunuhan itu merupakan operasi nakal yang dilakukan intelijen, yakni bertindak di luar perintah. Jenazah Khashoggi yang dimutilasi belum ditemukan sejak pembunuhan itu.
Pengadilan Saudi pada September 2020 menjatuhkan hukuman penjara antara 7 dan 20 tahun kepada delapan terdakwa. Sebelumnya, lima dari delapan terdakwa dijatuhi hukuman mati, namun diubah. Lima dari terpidana dijatuhi hukuman 20 tahun penjara dan tiga lainnya dipenjara selama 7-10 tahun.
Hukuman diubah dan menjadi putusan final atas pertimbangan bahwa putra Almarhum Khashoggi sudah memaafkan para pelaku pada Mei 2020.