Setelah bergabung selama 10 tahun, Malcolm memutuskan hubungan dengan kelompok tersebut yakni pada 1964. Penyebabnya dia menawarkan pemikiran baru yang merevisi pandangan sebelumnya mengenai pemisahan rasial. Pandangan itu membuat marah beberapa anggota Nation of Islam.
Talmadge Hayer, seorang anggota Nation of Islam, dalam sidang usai pembunuhan, mengaku sebagai satu dari tiga pelaku penembakan. Namun spekulasi bahwa pemerintah AS mungkin sudah mengetahui rencana tersebut namun membiarkannya menjadi misteri sampai saat ini.
Malcolm X dibunuh saat bersiap menyampaikan pidato di Audubon Ballroom, New York, pada 21 Februari 1965. Dia sedang bersama ibu dan saudaranya pembunuhan terjadi.