Stasiun televisi Globo menyiarkan rekaman video amatir menunjukkan seseorang ditendang oleh polisi.
Asosiasi lingkungan Paraisopolis mengecam tindakan polisi tersebut.
"Dini hari tadi, orang-orang muda terpojok di lorong-lorong dan dibunuh. Kami menuntut keadilan," kata asosiasi, dalam pernyataan di media sosial.
Paraisopolis merupakan salah satu favela terbesar di Sao Paulo, dengan 50.000 penduduk. Banyak dari mereka tinggal di rumah-rumah kumuh di sepanjang jalan-jalan beraspal yang tidak memiliki layanan dasar.
Juru bicara kepolisian Emiliano da Silva Neto mengatakan, penggerebekan itu juga dalam rangka pengungkapan kasus kejahatan narkoba. Namun dia mengakui operasi tersebut berlangsung di luar kendali. Polisi militer sedang menyelidiki dugaan kesalahan dari pihak aparat.
Saat petugas mengejar dua pelaku penembakan, mereka disambut dengan hujan batu yang kemudian dibalas dengan gas airmata, peluru karet, dan granat setrum.
Da Silva Neto menambahkan, mereka yang tewas disebabkan terinjak-injak dan tidak ada karena tembakan.