Tidak lama setelah kejadian, kelompok milisi Jaish-e-Mohammad (JeM) yang berbasis di Pakistan, mengaku berada di balik serangan.
India lalu menuding Pakistan mengizinkan kelompok-kelompok milisi beroperasi di wilayahnya, namun tuduhan ini dibantah Pakistan.
Serangan India ke Balakot adalah serangan pertama yang melintasi garis kontrol—perbatasan de facto yang memisahkan Kashmir bagian India dan Kashmir bagian Pakistan—sejak peperangan kedua negara pada 1971.