Duterte berusaha membangun aliansi dengan China di tengah konflik Laut China Selatan. Filipina dijanjikan pinjaman dan investasi miliaran dolar AS, sebagian besar belum terwujud.
Dia juga berulang kali mengatakan Filipina tidak berdaya menghentikan China. Menantang aktivitas China di Laut China Selatan bisa menimbulkan risiko perang yang akan merugikan Filipina.
Filipina mengajukan beberapa protes diplomatik atas aktivitas kapal-kapal China di Laut China Selatan. Teranyar, ratusan kapal milisi menangkap ikan secara ilegal di sekitar Whitsun Reef.