Selain tindakan keras terhadap Maois, pamor Fujimori meredup terkait serangkaian skandal korupsi selama 10 tahun pemerintahannya.
Setelah memenangkan pemilu ketiga pada 2000, dengan lebih dulu mengubah UU sehingga dia bisa mencalonkan lagi, muncul video seorang penasihat utamanya yang juga kepala badan intelijen Vladimiro Montesinos membagikan uang tunai untuk menyuap politisi. Peristiwa itu jelas merusak pamornya hingga dia kehilangan kepercayaan lalu melarikan diri ke Jepang.
Fujimori lalu mengajukan pengunduran diri dari Jepang melalui faks. Upayanya untuk melanjutkan karier politik di Jepang sebagai senator juga gagal.
Sementara Montesinos ditangkap di Venezuela dan dipenjara karena terbukti bersalah terkait video yang direkamnya sendiri saat membagikan uang suap kepada politisi.
Fujimori memiliki kewarganegaraan ganda Peru dan Jepang. Dia aman berada di Jepang karena pemerintah Negeri Sakura tak mengekstradisinya.