Setelah itu keputusan mengejutkan diambil Fujimori yakni kembali ke Peru pada 2005. Dia berharap mendapat pengampunan sehingga bisa kembali ke dunia politik. Namun saat singgah di Cile dia ditangkap lalu diekstradisi ke Peru pada 2007. Pengadilan Peru memutus Fujimuri bersalah dalam sidang pada 2009 dan dijatuhi hukuman 25 tahun penjara.
Dia dibebaskan pada Desember 2023 atas pertimbangan kondisi kesehatan. Pengadilan tertinggi Peru pada 5 Desember 2023 memutus untuk mendukung banding guna memulihkan pengampunan bagi Fujimori. Banding itu pertama kali diajukan pada 2017 atas dasar kemanusiaan. Pengadilan Hak Asasi Manusia Antar-Amerika (IACHR) mendesak agar langkah tersebut diblokir.
Fujimori telah menjalani hukuman sekitar 16 tahun sejak diekstradisi dari Cile pada 2007.
Menurut dokter, Fujimori memiliki masalah kesehatan serius. Saat bebas dari penjara dia terlihat mengenakan selang pernapasan dan masker sambil disambut Keiko.
“Hari ini akhirnya ayah kami pulang,” kata Keiko, di rumahnya saat itu, tempat ayahnya menghabiskan sisa hidupnya.