Sebuah laporan pada 2004 oleh kelompok perusahaan investigasi perusahaan, Kroll, menuduh Moi dan lingkaran dalamnya mencuri dua miliar dolar AS (sekitar Rp27 triliun) dana negara; sebuah tuduhan yang dibantah pemerintah saat itu.
Dia memenangkan pemilihan pada 1992 dan 1997, di tengah oposisi yang terpecah. Namun dia dicemooh dan diminta pensiun ketika batasan masa jabatan memaksanya mundur pada 2002.
Moi kemudian hidup tenang selama bertahun-tahun di tanah miliknya yang luas di Lembah Rift.
Beberapa pemimpin dari wilayah tersebut, termasuk Presiden Ethiopia Sahle-Work Zewde, Presiden Rwanda Paul Kagame, Salva Kiir dari Sudan Selatan, dan Yoweri Museveni dari Uganda, bergabung dengan Presiden Uhuru Kenyatta dan pelayat lainnya di upacara pemakaman.
Selasa (11/2/2020) dinyatakan sebagai hari libur nasional untuk memperingati wafatnya Moi.