Di awal masa jabatan, Duterte mengaku punya segudang penyakit, termasuk buerger (gangguan pembuluh darah di tangan dan kaki) serta miastenia gravis (gangguan komunikasi saraf dan otot).
Terlepas dari keluhan kesehatan tersebut, Istana Malacanang berulang kali meyakinkan bahwa Presiden Duterte dalam kondisi fit untuk memimpin negara.
Belum lama ini muncul rumor Duterte menjalani pemeriksaan medis darurat di Singapura. Namun kabar itu ditepis mantan asistennya, Senator Christopher 'Bong' Go, sambil merilis foto dan video Duterte sedang berada di Davao, kampung halamannya.