Dia kemudian mengundurkan diri dari militer pada 2014. Pada 3 Juni di tahun yang sama, Sisi maju dalam pilpres dan dinyatakan sebagai pemenang dengan meraih 96 persen suara. Pada April 2018, ayah empat anak itu terpilih kembali untuk masa jabatan kedua dengan meraup 97 persen suara.
Pada Agustus 2019, Otoritas Pemilihan Umum Nasional Mesir mengumumkan, warga Mesir telah memberikan suara untuk meloloskan sejumlah perubahan besar dalam konstitusi negara.
Salah satu amendemen adalah memperpanjang masa jabatan presiden dari 4 menjadi 6 tahun. Sebanyak 485 dari total 596 anggota parlemen Mesir saat itu menyetujui perpanjangan masa jabatan presiden menjadi 6 tahun serta memberi lampu hijau bagi Sisi menjabat selama 2 tahun lagi.
Parlemen Mesir juga memberikan suara mayoritas untuk menyetujui rancangan amandemen konstitusi yang bisa memperpanjang masa jabatan Al Sisi selama 12 tahun atau hingga 2034.