Pada November 2022, Munir diangkat sebagai Kepala Staf Angkatan Darat Pakistan (Chief of Army Staff) menggantikan Jenderal Qamar Javed Bajwa. Penunjukannya sempat menjadi sorotan karena membawa kembali gaya kepemimpinan militer yang lebih tertutup dan berorientasi strategi klasik.
Dalam jabatannya itu, ia memperkuat sinergi dengan angkatan udara dan angkatan laut, serta meningkatkan koordinasi dalam operasi keamanan dalam negeri dan perbatasan.
Ketika konflik 3 hari meletus antara Pakistan dan India di wilayah perbatasan pada Mei 2025, kepemimpinan Munir diuji di medan sebenarnya. Di bawah komandonya, militer Pakistan mengklaim berhasil menembak jatuh lima jet tempur India serta menguasai ruang udara strategis di wilayah sengketa.
Keberhasilan inilah yang menjadi dasar utama promosi luar biasa dirinya ke pangkat bintang lima, sebelumnya hanya diberikan kepada Ayub Khan pada 1959.
Dikenal sebagai sosok religius dan sederhana, Jenderal Munir sering menghindari sorotan media. Ia memiliki reputasi sebagai pemimpin militer yang lebih suka bekerja dalam diam, menjauhi keterlibatan langsung dalam politik, berbeda dengan beberapa pendahulunya.