Pada 1976 dia diangkat sebagai Komandan Angkatan Bersenjata Uni Emirat Arab. Dia sangat senang lantaran hal ituu sejalan dengan impiannya meningkatkan kemampuan pertahanan negaranya.
Pria ini juga dikenal jago di bidang militer. Dia pun turut berperan meningkatkan perkembangan teknologi di Uni Emirat Arab.
Sejak menjadi presiden UEA, Sheikh Khalifa telah memimpin restrukturisasi besar-besaran baik dari Pemerintah Federal maupun pemerintah Abu Dhabi.
Setelah terpilih sebagai Presiden, Sheikh Khalifa meluncurkan rencana strategis pertamanya bagi pemerintah UEA untuk mencapai pembangunan yang seimbang dan berkelanjutan. Dia juga menempatkan kesejahteraan warga dan penduduk UEA sebagai inti.
Tujuan utamanya sebagai presiden UEA adalah untuk melanjutkan jalan yang ditetapkan oleh ayahnya Sheikh Zayed. Dia mengarahkan pengembangan sektor minyak dan gas dan industri hilir yang telah berhasil berkontribusi pada diversifikasi ekonomi negara.
Dia tak lupa melakukan tur ekstensif di seluruh UEA untuk mempelajari kebutuhan Emirat Utara. Hasilnya, dia menginstruksikan untuk membangun sejumlah proyek yang berkaitan dengan perumahan, pendidikan, dan layanan sosial.
Selain itu, ia meluncurkan inisiatif untuk mengembangkan sistem nominasi untuk anggota Dewan Nasional Federal. Hal itu dipandang sebagai langkah pertama menuju pembentukan pemilihan langsung di UEA.
Syeikh Khalifa dikenal sangat dermawan. Syeikh Khalifa menciptakan sejumlah program bantuan baik dalam bentuk beasiswa, dana penelitian dan dana tunai. Dia juha menyumbangkan sebagian kekayaannya pada University of Wales and the University of Texas.
Dia tak segan menggelontorkan dana 150 juta Dolar AS untuk mendirikan klinik perawatan kanker di University of Texas. Tak hanya itu, dia membagikan iPad gratis pada seluruh siswa di tiga universitas besar di Uni Emirat Arab.
Syeikh Khalifa dikenal hanya memiliki seorang istri. Padahal sang ayah memiliki enam istri.
Dia menikahi Sheikha Shamsa binti Suhail Al Mazrouei. Pasangan itu memiliki delapan anak, dua laki-laki dan enam perempuan.
Anak pertama, Mohammed bin Khalifa bin Zayed Al Nahyan diangkat menjadi wakil putra mahkota Abu Dhabi oleh sang kakek, Syeikh Zayed.