"Hujan lebat yang belum pernah terjadi sebelumnya terlihat di kota-kota dan desa-desa di mana peringatan darurat dikeluarkan," kata pejabat JMA, Yasushi Kajiwara, seperti dilaporkan AFP.
"Kemungkinannya sangat tinggi sehingga bencana seperti tanah longsor dan banjir terjadi. Penting untuk mengambil tindakan yang dapat membantu menyelamatkan hidup Anda."
Setidaknya dua tanah longsor sudah dikonfirmasi, dengan seorang pria berusia 60-an tewas di Gunma.
Menjelang sore, puluhan ribu orang berada di tempat penampungan dan menerima jatah makanan darurat dan selimut.
Tak lama, gempa berkekuatan magnitudo 5,7 mengguncang wilayah Tokyo dan semakin meningkatkan kepanikan warga.