Di antara para pengungsi, beberapa merupakan warga yang rumahnya rusak akibat topan kuat yang melanda wilayah itu bulan lalu.
"Saya dievakuasi karena atap saya rusak oleh topan lainnya dan hujan turun. Saya sangat khawatir dengan rumah saya," kata seorang lelaki berusia 93 tahun kepada penyiar nasional NHK.
Dia saat ini berlindung di sebuah pusat di Tateyama di timur Chiba.
Di Yokohama, di luar Tokyo, warga lain berjongkok di rumah mereka meskipun ada badai.
"Saya berusia 77 dan saya belum pernah melihat yang seperti ini," kata Hidetsugu Nishimura, kepada AFP.
"Kita bisa mendengar hiruk-pikuk dari hujan dan angin, dan serpihan atap hilang. Selama satu jam, rumah itu bergetar karena angin dan hujan."
Lima orang termasuk seorang bocah lelaki berusia tiga tahun dilarikan ke rumah sakit, tetapi tidak ada yang menderita cedera serius, kata pemadam kebakaran setempat kepada AFP.