Kuil ini menjadi simbol penting dalam identitas Kamboja, sama seperti Angkor Wat. Namun lokasinya yang berada di wilayah perbatasan membuat status kepemilikannya terus diperdebatkan.
Setelah kolonialisme Prancis berakhir, muncul perdebatan mengenai siapa yang memiliki hak atas kuil ini. Thailand mengklaim bahwa wilayah kuil secara geografis berada di sisi mereka, sementara Kamboja menyatakan kuil itu adalah bagian dari warisan budaya mereka yang tak terbantahkan.
Pada 1962, Mahkamah Internasional (ICJ) memutuskan Preah Vihear adalah milik Kamboja, berdasarkan peta kolonial yang sebelumnya digunakan Thailand tanpa protes.
Keputusan ini sempat menurunkan ketegangan, namun tak menghilangkan sumber konflik.
Sengketa kembali memanas pada 2008 ketika UNESCO menetapkan Kuil Preah Vihear sebagai Situs Warisan Dunia. Thailand memprotes keras karena khawatir penetapan itu akan memperkuat klaim Kamboja atas wilayah sekitarnya.