Dalam pengaduan yang diterima pengadilan, personel Israel dituduh secara paksa mengambil alih kapal, merusak properti, serta menahan kru secara ilegal, termasuk puluhan warga negara Spanyol yang berada dalam rombongan tersebut.
Para penggugat juga menuduh para aktivis yang ditahan kemudian dibawa ke Penjara Ketziot. Mereka mengklaim para tahanan mengalami penyiksaan serta tidak memperoleh akses terhadap bantuan hukum maupun perlindungan diplomatik selama berada dalam tahanan.
Saat ini, Jaksa Penuntut ICC juga tengah menangani penyelidikan yang lebih luas terkait dugaan genosida, kejahatan perang, dan kejahatan terhadap kemanusiaan yang diduga dilakukan militer Israel di wilayah Palestina. Hasil koordinasi tersebut akan menjadi salah satu dasar bagi Pengadilan Nasional Spanyol dalam menentukan langkah hukum selanjutnya terhadap para pejabat militer Israel yang dilaporkan.