Deif diketahui bergabung dengan Hamas pada akhir tahun 1980-an. Presitasinya membuat dia cepat dikenal dan menduduki jabatan penting sayap militer Brigade Al Qassam.
Deif menjabat komandan Brigade pada 2002, melanjutkan peran yang ditinggalkan Salah Shehadeh akibat terbunuh.
Prestasi Deif untuk Hamas di antaranya merancang roket Qassam dan membuat terowongan di bawah Gaza. Terowongan itu menjadi tempat Deif menghabiskan sebagian besar waktu guna menghindari serangan Israel.
Meski nyawanya selalu luput dari serangan Israel, bukan berarti dia tak terluka. Medis Israel melaporkan selama tahun 2000-an, dia selamat dari empat percobaan pembunuhan Israel. Beberapa di antaranya mengalami luka serius. Deif dilaporkan kehilangan satu mata dan anggota tubuh.
Seorang mantan kepala intelijen IDF menyebut Deif mengalami luka serius dalam serrangan udara di rumah seorang anggota Hamas pada 2006. Para pejabat keamanan Israel yakin luka tersebut akan mengurangi kemampuan Deif dalam menjalankan perannya, namun ternyata anggapan mereka salah.
“Orang-orang mengira dia tidak akan pernah berfungsi lagi sebagai pemimpin, sebagai perencana militer. Tetapi dia pulih sebaik yang dia mampu," kata dia.
Serangan Israel yang gagal tersebut meningkatkan reputasi Deif serta membuatnya dijuluki 'kucing dengan sembilan nyawa' oleh musuh.