"Kami melihat tingkat hujan lebat yang belum pernah terjadi sebelumnya di kota-kota tempat kami mengeluarkan peringatan khusus," bunyi Badan Meteorologi Jepang, seperti dilaporkan AFP.
"Ini adalah situasi di mana Anda harus melakukan yang terbaik untuk melindungi hidup Anda," kata pejabat badan cuaca, Yasushi Kajiwara.
Dia juga mendesak mereka yang saat ini menghadapi perintah evakuasi untuk bertindak sebelum peringatan ditingkatkan lebih lanjut.
"Tolong jangan menunggu," katanya.
Peringatan darurat itu diberlakukan bagi wilayah di Saga, Fukuoka, dan Nagasaki di Kyushu utara.
Seorang pejabat Saga mengonfirmasi kepada AFP bahwa seorang pria ditemukan tewas di mobilnya pada Rabu kemarin setelah tersapu banjir.
Cuaca buruk juga mengganggu transportasi; sebagian layanan kereta api ditangguhkan di bagian Kyushu utara dan beberapa jalan ditutup.