Mengingat bangunan itu tadinya adalah Gereja Katolik Roma dan bernama Gereja Holy Trinity, tentu banyak sekali simbol-simbol Kristen di dalam dan luar bangunan itu. Komunitas muslim pun terpaksa berhadapan dengan Dewan Preservasi Bangunan Bersejarah Syracuse untuk memperoleh izin membuang dan menganti simbol-simbol itu.
Setelah proses yang cukup panjang, pengurus masjid itu akhirnya diperkenankan mencabut simbol-simbol Kristen, seperti salib, selama tidak mengubah keaslian bentuk bangunan.
Pengurus melakukan sedikit perbaikan terhadap dinding, langit, dan atap bangunan yang kosong selama empat tahun itu.
Para pengurus tidak mengubah dekorasi interior bangunan gereja itu yang merupakan hasil kerajinan tangan. Mereka juga tidak mengganti jendela-jendelanya, hanya menambahkan ornamen-ornamen bernuansa Islam, seperti hiasan dinding kaligrafi bahasa Arab.
Sewaktu berada di dalam masjid itu, banyak pengunjung merasa seolah berada dalam ruangan yang merupakan paduan antara gereja dan masjid.