Setelah upacara pemakaman yang juga dihadiri sekitar 70 kepala negara, kepala pemerintahan, dan pemimpin monarki, peti jenazah dibawa kembali ke dalam Basilika Santo Petrus. Setelah itu, jenazah dibawa menggunakan mobil kepausan berwarna putih menuju Basilika Santa Maria Maggiore melintasi jalanan Roma. Basilika Santa Maria Maggiore berjarak sekitar 5 km dari Basilika Santo Petrus.
Jenazah Paus Fransiskus disambut para uskup dan kardinal terkemuka di Basilika Santa Maria Maggiore. Selain itu sekitar 40 imigran, narapidana, tunawisma, dan transgender, masing-masing memegang mawar putih, juga ikut menyambut jenazag. Kehadiran mereka merupakan simbol kepedulian Paus terhadap kelompok terpinggirkan itu.
Di dalam basilika, petugas pengusung jenazah berhenti terlebih dulu di depan ikon Madonna sebagai bentuk penghormatan terakhir. Setelah itu empat anak meletakkan mawar putih di altar kapel ikon tersebut.
Petugas kemudian membawa peti jenazah menuju ceruk tempat Paus Fransiskus dimakamkan, yakni di bawah batu nisan sederhana bertuliskan namanya dalam bahasa Latin.
Posisi makam berada di bawah tanah, di balik penghalang kayu, agar di dekat dengan ikon Bunda Maria.
Fransiskus menjadi paus pertama yang dimakamkan di luar Vatikan sejak 100 tahun.