Di dalam basilika, petugas pengusung jenazah berhenti terlebih dulu di depan ikon Madonna sebagai bentuk penghormatan terakhir. Setelah itu empat anak meletakkan mawar putih di altar kapel ikon tersebut.
Petugas kemudian membawa peti jenazah menuju ceruk tempat Paus Fransiskus dimakamkan, yakni di bawah batu nisan sederhana bertuliskan namanya dalam bahasa Latin.
Posisi makam berada di bawah tanah, di balik penghalang kayu, agar di dekat dengan ikon Bunda Maria.
Fransiskus menjadi paus pertama yang dimakamkan di luar Vatikan sejak 100 tahun.