Semakin banyaknya orang-orang Belanda yang singgah di tempat ini, kemudian bermunculan pondok-pondok. Banyaknya pondok-pondok ini membuat orang-orang menyebutnya sebagai Pondok Kopi.
Saat ini di Pondok Kopi sudah tidak ada satu pun pohon kopi yang tumbuh. Kawasan ini pun berubah menjadi permukiman penduduk.
Pada tahun 1975 silam, Pemprov DKI Jakarta membangun kawasan ini dengan berdirinya Perumahan Pondok Kopi. Barulah pada tahun 1982, Pemkot Jakarta Timur meresmikan nama Kelurahan Pondok Kopi tepatnya pada 17 Januari 1982.