Lebih lanjut dia menjelaskan, di belahan Indonesia Timur, gangguan keutuhan teritori datang dari separatis Papua yaitu Organisasi Papua Merdeka atau (OPM). Menurutnya, keinginan OPM untuk memerdekakan diri masihlah tinggi.
"Di Indonesia bagian Timur itu, gerakan separatis ingin memerdekakan dirinya," katanya.
Kemudian, untuk wilayah Indonesia Tengah, Mahfud menyebut masalah radikalisme dan teorisme amat masif. Beberapa contohnya adalah penangkapan terorisme yang sedang gencar-gencarnya dilakukan oleh aparat di beberapa daerah, seperti Jawa Timur, Sulawesi Selatan, hingga Jakarta Timur.
"Di Indonesia Tengah dan tersebar, ada di mana-mana, itu adalah radikalisme dan terorisme. Seperti yang dari Jatim ditangkap 22 orang, di Makassar juga ditangkap 19 orang dan beberapa hari kemarin terjadi ledakan bom. Kemudian bercabang lagi yang di Condet dan sebagainya. Itulah ancaman keutuhan teritori dan ideologi kita," ucapnya.