Taman Margasatwa Ragunan pun menerapkan protokol kesehatan yang wajib dipatuhi pengunjung, seperti pengecekan suhu tubuh saat masuk, cuci tangan, wajib menggunakan masker dan menjaga jarak antarindividu.
Bahkan ada juga karpet disinfektan yang disemprotkan sebelum pengunjung masuk ke dalam Taman Margasatwa Ragunan.
Pembukaan Taman Margasatwa Ragunan mengikuti Peraturan Gubernur Nomor 51 Tahun 2020 tentang Pelaksanaan Pembatasan Sosial Berskala Besar Pada Masa Transisi Menuju Masyarakat Sehat, Aman, dan Produktif. Sebelumnya Taman Margasatwa Ragunan ditutup untuk sementara waktu sejak pandemi virus corona merebak.