Selama pengembangan Kota Jakarta, ada beberapa bangunan atau lokasi di sekitar Kota Tua yang dihancurkan dengan alasan tertentu. Pada 1890–1910 benteng Batavia dihancurkan. Beberapa material digunakan untuk pembangunan Istana Daendels (sekarang Kementerian Keuangan).
Kemudian pada 1950-an, Gerbang Amsterdam yang berlokasi di pertigaan Jalan Cengkih, Jalan Tongkol, dan Jalan Nelayan Timur, dihancurkan untuk pelebaran jalan.
Jalur Trem Batavia juga ditimbun menggunakan aspal karena Presiden Soekarno menganggap Trem Batavia membuat macet.
Namun ada juga bangunan yang direvitalisasi sehingga membuat Kota Tua sampai saat ini menjadi destinasi wisata sejarah yang menarik.
Kota Tua terus dipercantik dan dikembangkan dari masa ke masa oleh gubernur DKI Jakarta. Saat ini akses ke Kota Tua sudah jauh lebih muda daripada sebelumnya. Untuk menjangkau Kota Tua dari seluruh penjuru Jakarta ada moda transportasi TransJakarta dan kereta rel listrik (KRL).
Sementara tempat wisata serta pendukung yang tersedia adalah museum, restoran, kafe, jajanan tradisioonal, penginapan, dan lainnya.
Itulah sejarah Kota Tua yang terus dilestarikan, menjadi pengingat bagi generasi penerus tentang sejarah atau masa lalu Jakarta.