Dukungan terhadap Sutiyoso semakin menguat hingga rencana membangun masjid itu diutarakan ke Prof Azzumardi Azra yang saat itu menjabat Rektor UIN Syarif Hidayatullah.
Master plan pembangunan JIC pun dibuat tahun 2002. Bahkan di tahun yang sama, dilakukan Studi Komparasi ke Islamic Centre di Mesir, Iran, Inggris dan Perancis untuk pembangunan JIC tersebut.
Selanjutnya pada tahun April 2004, Badan Pengelola Pusat Pengkajian dan Pengembangan Islam Jakarta (Jakarta Islamci Centre) diangkat/dilantik melalui SK Gubernur KDKI Jakarta No. 651/2004.