Empat tahun kemudian atau tepatnya pada 1 Mei 1918, Stasiun Manggarai selesai dibangun dan resmi dibuka untuk umum.
Stasiun ini lalu menjadi titik persimpangan lintas kereta api yang menghubungkan Tanah Abang-Duri, Batavia-Gambir, Meester Cornelis (Jatinegara)-Bekasi, Depok-Bogor, dan jalur cabang menuju eks-Stasiun Meester Cornelis NIS (sekarang Dipo Bukit Duri).
Stasiun Manggarai kini menjadi bangunan cagar budaya dan terdaftar di situs Kemendikbud dengan Nomor SK : 011/M/1999. Stasiun ini memiliki kanopi kayu yang khas di peron lama.
Desain asli kanopi seharusnya baja cor yang diimpor langsung dari Eropa. Namun, karena material baja kanopi tidak tersedia di pabriknya akibat Perang Dunia I (1914-1918), pesanan dibatalkan.
Stasiun Manggarai di Masa Perjuangan
Stasiun Manggarai juga menjadi saksi perjuangan bangsa Indonesia. Stasiun Manggarai menjadi awal keberangkatan rombongan Presiden Soekarno ketika pemindahan ibu kota sementara dari Jakarta ke Yogyakarta pada 4 Januari 1946.