Panglima Besar Jenderal Soedirman juga pernah singgah di Stasiun Manggarai untuk menghadiri perundingan gencatan senjata di Jakarta dengan Belanda. Kedatangan sang Panglima dan rombongan di Stasiun Manggarai pada Jumat 1 November 1946 disambut sorak sorai rakyat Indonesia.
Ketika itu, Jenderal Soedirman bisa saja turun di Stasiun Gambir dan langsung menuju Hotel Shutteraf (gedung Pertamina) yang ada persis di depan Stasiun Gambir. Namun, Perdana Menteri Sutan Sjahrir sengaja mengatur agar rombongan Jenderal Soedirman turun di Stasiun Manggarai, kemudian diarak menuju hotel di Gambir.
Hal ini dilakukan untuk menunjukkan kepada Belanda bahwa Republik Indonesia mempunyai panglima dan tentara yang hebat.
Stasiun Manggarai di Era Modern
Kini, Stasiun Manggarai menjadi salah satu stasiun tersibuk di Jabodetabek. Stasiun dengan 13 jalur ini melayani KRL Commuter Line rute Bogor-Jakarta Kota, Nambo-Jakarta Kota, Cikarang-Kampung Bandan, Bekasi-Kampung Bandan hingga kereta Bandara Soekarno-Hatta.
Stasiun Manggarai menjadi stasiun transit bagi penumpang yang ingin berganti rute. Berdasarkan laman resmi KAI Commuter, pada malam pergantian tahun 2024, pengguna transit di Stasiun Manggarai menyentuh angka 204.499 orang, sedangkan pada 1 Januari 2024 mencapai 230.000 orang.
Angka tersebut lebih besar 28-44 persen jika dibandingkan dengan volume transit pada libur akhir pekan yaitu sebanyak 160.000 orang.
Stasiun Manggarai masih terus dikembangkan hingga saat ini. Stasiun Manggarai rencananya akan dijadikan stasiun sentral yang melayani kereta-kereta jarak jauh.