Pada tahap awal, Transjakarta akan mengoptimalkan aset yang dimiliki Dishub Jakarta, termasuk kapal, dermaga dan fasilitas pelabuhan. Pembenahan sistem ticketing dan teknologi layanan juga akan dilakukan untuk meningkatkan kualitas pelayanan.
Untuk pengembangan jangka panjang, Transjakarta mempertimbangkan pola hub and spoke. Dalam skema tersebut, kapal berkapasitas besar melayani rute utama dari Jakarta menuju pulau tertentu, kemudian perjalanan dilanjutkan menggunakan kapal pengumpan menuju pulau-pulau lainnya.
Menurut Welfizon, pengembangan layanan nantinya tidak hanya menyasar mobilitas penumpang, tetapi juga logistik dan pariwisata. Transjakarta juga akan mengeksplorasi bisnis pendukung di luar pendapatan tiket, seperti kepelabuhanan, logistik dan pariwisata.