Prabowo kemudian memutuskan untuk menyerang enam titik sesuai hasil kajian tim intelijen. Operasi Mapenduma itu akhirnya berhasil membebaskan sandera. Meski demikian, dari 26 sandera, 3 orang meninggal dunia dibunuh penyandera. Sedangkan sisanya lepas termasuk seluruh peneliti asing.
Indonesia pernah mengalami peristiwa menegangkan pembajakan pesawat Garuda Indonesia Penerbangan 206 pada tahun 1981. Pembebasan sandera pembajakan sekelompok teroris bersenjata di Bandar Udara Don Mueang, Bangkok, Thailand dikenal dengan Operasi Woyla.
Penerbangan dari pelabuhan udara sipil Talangbetutu, Palembang ke Bandara Polonia, Medan ini mengalami insiden pembajakan pada 28 Maret 1981 oleh lima orang teroris yang dipimpin Imran bin Muhammad Zein. Mereka mengidentifikasi diri sebagai anggota kelompok ekstremis "Komando Jihad".
Peristiwa pembajakan pesawat Garuda DC-9 Woyla ini menjadi peristiwa terorisme bermotif "jihad" pertama yang menimpa Indonesia dan satu-satunya dalam sejarah maskapai penerbangan Indonesia. Drama pembajakan pesawat Garuda DC-9 Woyla tersebut berlangsung empat hari di Bandara Don Mueang Bangkok.
Mendengar pembajakan tersebut, Presiden Suharto memanggil Kapusintelstrat LB Moerdani ke Cendana. Moerdani memerintahkan Asisten Operasi Kopassandha, Letkol Sintong Panjaitan untuk membuat rencana operasi pembebasan dengan 35 personel. Satu pesawat berjenis sama, Douglas DC-9 dipinjam untuk latihan singkat di hangar Garuda sebelum berangkat ke Thailand.