Sementara itu, proses penerbangan dari Medan ke Jakarta berjalan normal tanpa hambatan. Proses pemberangkatan berlangsung sejak pukul 05.00 WIB.
Para jemaah yang sebelumnya diinapkan di hotel untuk kepentingan pengamanan dan pemeriksaan menyeluruh, dijemput oleh tim groundhandling dan langsung diarahkan menuju Ruang Tunggu Keberangkatan Bandara Kualanamu. Penumpang bersiap di Area Pintu 5 dan 6, dengan pengawalan ketat dari aparat gabungan.
Pukul 07.40 WIB, seluruh penumpang mulai boarding ke dalam pesawat Saudi Air SV-5726. Selanjutnya, pada pukul 08.45 WIB, pesawat lepas landas dengan tujuan Bandara Internasional Soekarno-Hatta, Jakarta.