Dalam artikel yang dikutip dari situs resmi TNI dengan judul "Pasukan Elite TNI Bergerak Secepat Angin" yang diterbitkan pada tanggal 28 November 2005, setiap prajurit Denjaka wajib mengikuti pendidikan Penanggulangan Teror Aspek Laut (PTAL) selama kurang lebih 5,5 bulan.
Kursus ini dilaksanakan di Bumi Marinir Cilandak, Jakarta Selatan, dan mencakup materi intelijen, taktik dan teknik antiteror, antisabotase, dasar-dasar spesialisasi, serta komando kelautan.
Pendidikan lanjutan dilakukan di lapangan, seperti di hutan, laut, bahkan udara. Calon anggota Denjaka dilatih dalam situasi ombak ganas di Laut Banyuwangi, yang sering kali menghanyutkan perahu nelayan. Dengan tangan dan kaki terikat, para prajurit tersebut dilemparkan ke laut yang ganas.
Mereka harus bertahan hidup dan menyelamatkan diri. Setelah melawan ombak besar di laut, mereka juga dihadapkan pada tantangan bertahan hidup di hutan tanpa perbekalan, kecuali garam. Mereka dituntut untuk memanfaatkan sumber daya alam yang tersedia di hutan. Di dalam hutan, mereka ditempatkan untuk melatih ketahanan fisik dan kemampuan individu selama berhari-hari.
Mereka sering kali harus memakan binatang liar, seperti ular, monyet, dan lain sebagainya, untuk bertahan hidup. Latihan udara juga menjadi bagian dari pelatihan, di mana prajurit Denjaka dilatih untuk terjun bebas.