Karena itu, Cholil berpandangan zakat yang telah ditunaikan seorang Muslim sudah selayaknya diperhitungkan secara langsung sebagai bagian dari pemenuhan kewajiban pajak kepada negara. Menurutnya, mekanisme tersebut akan menciptakan rasa keadilan bagi para wajib zakat.
Dia juga menyatakan dukungannya terhadap keberadaan LAZ di berbagai daerah. Menurutnya, Baznas tidak mungkin mengoptimalkan seluruh potensi penghimpunan dan pendistribusian zakat tanpa dukungan berbagai LAZ yang tumbuh di tengah masyarakat.
"Kita harus memproporsikan yang bayar zakat itu bisa dihitung sebagai pajak. Kenapa? Karena Baznas dan LAZ itu ada untuk mengurangi kemiskinan dan dipakai untuk kepentingan bangsa. Sehingga apa yang kita bayarkan sebagai zakat, sekaligus dihitung sebagai pembayaran pajak," katanya.