Setelah menamatkan pendidikannya di Fakultas Tarbiyah IAIN Jakarta pada tahun 1982, ia kemudian melanjutkan program master di Columbia University dengan beasiswa Fulbright.
Di kampus yang sama, Azyumardi Azra juga mendapatkan beasiswa Columbia President Fellowship dan pindah ke Departemen Sejarah. Ia pun berhasil meraih gelar Master of Arts (MA) pada 1989.
Satu tahun kemudian, Azyumardi Azra meraih gelar Master of Philosophy (MPhil) dari Departemen Sejarah Columbia University serta gelar doktor (Dr) dengan disertasi berjudul The Transmission of Islamic Reformism to Indonesia: Network of Middle Eastern and Malay-Indonesian ‘Ulama ini the Seventeenth and Eighteenth Centuries.
Sekembalinya ke Jakarta, Azyumardi Azra mendirikan sekaligus menjadi Pemimpin Redaksi Studia Islamika.
Namun, karier jurnalisnya bermula saat ia menjadi wartawan di Panji Masyarakat (1979 - 1985).
Kemudian pada 1998, ia menjabat sebagai Rektor UIN Syarif Hidayatullah Jakarta. Jabatan ini diembannya hingga tahun 2006. Setelah itu, Azyumardi Azra menjabat sebagai Direktur Pascasarjana UIN Syarif Hidayatullah.