Sunan Ampel lahir dari keluarga yang terkemuka, ayahnya adalah Syekh Ibrahim Zainuddin As-Samarqandy dan ibunya adalah Dewi Candrawulan. Selain itu, ia juga memiliki hubungan keluarga dengan istri Bhre Kertabhumi, raja Majapahit, yakni sebagai keponakan Dyah Dwarawati.
Jika dilihat dari naskah-naskah kuno, menyebutkan bahwa Sunan Ampel memiliki kelebihan yang disebut dengan Karomah. Adapun salah satu kelebihan yang dimiliki oleh Beliau adalah konon kemampuannya yang dapat menghadirkan roh Mbah Soleh yang merupakan salah satu santrinya yang terkenal dengan taat dan rajin.
Selain itu, Sunan Ampel juga diketahui memiliki Karomah bisa berjalan di atas air ketika dalam perjalanan dakwahnya beliau bertemu dengan pertapa di pinggir sungai.
Sunan Ampel memiliki dua orang istri, yakni istri pertama bernama Dewi Condrowati atau Nyai Ageng Manila dan istri kedua bernama Dewi Karimah.
Sunan Ampel dikaruniai 4 orang anak dari pernikahannya dengan Nyai Ageng Manila, yaitu, Putri Nyai Ageng Maloka, Maulana Makdum Ibrahim (Sunan Bonang), Syarifuddin (Sunan Drajat) Syarifah (istri dari Sunan Kudus).