Bung Tomo bahkan ditunjuk menjadi anggota Dewan Penasihat Panglima Besar Jenderal Sudirman. Bung Tomo dan Jenderal Sudirman disebut sepaham dan seideologi.
Tugas kedua Bung Tomo yaitu melakukan perundingan dan penyusunan strategi bersama Presiden Soekarno beserta anggota kabinetnya pada bulan Oktober 1945 di Gedung Proklamasi.
Soekarno ketika itu meminta saran dan informasi kepada Bung Tomo tentang bagaimana caranya mendesak para tentara pendudukan Jepang untuk menyerahkan senjatanya kepada bangsa Indonesia.
Kemudian tugas ketiga berkaitan dengan struktur kemiliteran. Dia ditunjuk menjadi anggota Staf Gabungan Angkatan Perang Republik Indonesia dan Ketua Panitia Angkatan Darat yang membawahi bidang kereta api, bus antarkota dan sebagainya.
Bung Tomo mendapat tugas untuk mengoordinasikan semua alat angkutan darat di semua wilayah Republik Indonesia.
Lewat tugas-tugas itu, Bung Tomo yang semula hanya aktivis dan pejuang dari kalangan sipil, menjadi lebih kuat lagi reputasinya di militer Indonesia.