Konflik Maluku adalah konflik antara kelompok Muslim dan Kristen yang terjadi di provinsi Maluku dan Maluku Utara sejak tahun 1999 hingga 2002. Konflik ini dipicu oleh perselisihan antara dua orang pemuda yang berbeda agama di Kota Ambon pada tanggal 19 Januari 1999.
Konflik ini kemudian meluas menjadi konflik etnis, politik, dan ekonomi yang melibatkan berbagai kelompok masyarakat, milisi, dan aparat keamanan. Konflik Maluku menelan ribuan korban jiwa, jutaan pengungsi, dan kerugian materi yang besar. Konflik Maluku berakhir dengan ditandatanganinya Perjanjian Malino II pada tahun 2002, yang mengakhiri permusuhan dan mengembalikan perdamaian di Maluku.
Gerakan Aceh Merdeka (GAM) dan Organisasi Papua Merdeka (OPM) merupakan contoh konflik vertikal antara rakyat dan pemerintah yang berakar pada sejarah dan politik. OPM adalah organisasi yang berjuang untuk memisahkan Papua dari Indonesia. OPM didirikan pada tahun 1965 sebagai bentuk penolakan terhadap hasil Pepera (Penentuan Pendapat Rakyat) tahun 1969 yang menetapkan Papua sebagai bagian dari Indonesia.
OPM melakukan berbagai aksi perlawanan, seperti pemberontakan bersenjata, penculikan, pembunuhan, dan pengibaran bendera Bintang Kejora3. Konflik antara OPM dan pemerintah Indonesia telah menimbulkan banyak korban jiwa, pelanggaran hak asasi manusia, dan kerusakan lingkungan.
Konflik Aceh adalah konflik bersenjata yang terjadi antara pemerintah Indonesia dan Gerakan Aceh Merdeka (GAM) yang berlangsung sejak tahun 1976 hingga 2005. GAM adalah organisasi yang menuntut kemerdekaan Aceh dari Indonesia, dengan alasan sejarah, budaya, dan agama yang berbeda. Konflik Aceh mencapai puncaknya pada tahun 2003, ketika pemerintah Indonesia memberlakukan darurat militer di Aceh dan melancarkan operasi militer besar-besaran untuk membasmi GAM. Konflik Aceh berakhir dengan ditandatanganinya Memorandum of Understanding (MoU) antara pemerintah Indonesia dan GAM pada tahun 2005, yang menghasilkan kesepakatan damai dan otonomi khusus bagi Aceh.