Sebelum itu, DI Panjaitan kecil sempat mengikuti tes di HBS atau sejenis SMP dan SMA dengan pendidikan lima tahun. Sayang, hal tersebut terhalang karena terkendala biaya.
Masa remaja DI Panjaitan dipenuhi kegetiran. Orang tuanya meninggal dalam kurun waktu yang berdekatan. Oleh karena itu, ia berusaha untuk memperjuangkan cita-citanya dengan menuntut ilmu.
Usai lulus dari MULO, DI Panjaitan masuk pendidikan militer Giyugun. Setelah beberapa bulan dilatih menjadi seorang prajurit, ia mendapatkan jabatan sebagai Perwira Staf Syodanco (Letnan Dua).
Dikutip dari buku 'Major Jenderal Anumerta DI Panjaitan' karya Mardanas Safwan, perjalanan panjang, serta kepiawaiannya di bidang militer itu akhirnya membuat dia dipercaya menjabat sebagai Asisten IV Menpangad.