Selain itu, kata Argo, Zulkarnain juga merupakan orang yang membentuk unit khos yang dalam struktur Jamaah Islamiyah merupakan satu unit tentara khusus. Tentara khusus itu terlibat dalam beberapa konflik agama, seperti di Poso, Sulawesi Tengah pada 2000 silam dan konflik bernuansa SARA di Ambon tahun 2011 lalu.