Terdapat sejumlah perubahan dalam revisi UU Kementerian Negara seperti jumlah nomenklatur kementerian tak lagi dibatasi, melainkan menyesuaikan dengan kebutuhan presiden dengan mempertimbangkan efektivitas pemerintahan.
Padahal, dalam peraturan perundang-undangan yang lama, jumlah kementerian dan lembaga dibatasi sebanyak 34. Selain itu, terdapat penambahan dua pasal baru yang disisipkan. Yaitu, Pasal 6 dan Pasal 9A.
Pasal 6 bunyinya "Dalam hal tertentu, pembentukan Kementerian tersendiri dapat didasarkan pada sub urusan pemerintahan atau perincian urusan pemerintahan sepanjang memiliki keterkaitan ruang lingkup urusan pemerintahan sebagaimana dimaksud pada pasal 5 ayat (1), ayat (2), dan ayat (3)."
Pasal 9A sehingga berbunyi, "Dalam hal terdapat undang-undang yang menuliskan, mengatur dan/ mencantumkan unsur organisasi sebagaimana dimaksud dalam pasal 9, presiden dapat melakukan perubahan unsur organisasi dimaksud dalam peraturan pelaksanaan sesuai dengan kebutuhan penyelenggaraan pemerintahan."